El consultorio biomédico de Khram Cuervo Errante

[Watta]

Tengo dos secuencias de los extremos N-terminal de lo que, a priori, son dos proteínas descritas gracias al método de degradación de Edman. Analizamos nuestra proteína purificada y sacamos 10 aa de su N-ter y 2 secuencias que ignoro a qué proteína corresponden.

(Seq. 3)  S L C T K A T D P S
(Seq. 4) A K V A E D L A K I

No domino mucho las herramientas de bioinformática tipo BLAST y demás, y lo he intentado pero no lo consigo. ¿Alguna idea de cómo entrar esas dos secuencias en una base de datos para que me dé a qué proteína podrían corresponder?

No es imprescindible, solo para ir un poco más allá a la hora de elaborar el informe de prácticas. Y que me parece curioso que se hayan copurificado 2 proteínas contaminantes además de la de interés cuando a esta última le habíamos incorporado un Tag de 6 His.

[Watta]

Dobleposteo por necesidad

Las Ig (IgA, IgD, IgE, IgG, IgM) solo las encontramos en la membrana de los limfocitos B o, en su defecto, en forma soluble secretadas por las células plasmáticas, ¿cierto?

Los limfocitos T no presentan Ig en su membrana sino que presentan TCR, que vendría siendo similar a las moléculas de Ig.

Puede parecer una pregunta ridícula, pero si ya me fallara la base... xD

Por cierto, el problema que tenía en el post justo anterior a este ya lo resolví

[TitoHarris]

Si pero....

Para diferenciar los linfocitos se usa más el CD (cluster de diferenciación), no?

Linf. T Helper => CD3 + CD4

Linf T Citotoxico => CD3 + CD8

igualmente, para reconocer un Linf B se usa el BCR que es como una Ig... pero realmente no es una inmunoglobulina y reconoce a un único antígeno.

todo esto lo digo más o menos de memoria, no afirmo que sea 100% así.


Por cierto, pregunta para Khram o quien la pueda contestar...

Estoy pensando en mi futuro a medio plazo... este año acabo la licenciatura y no tengo muy claro que hacer con mi futuro.

Lo que si tengo claro es que me gustaría hacer un máster (en microbiologia) y una de las posibilidades sería pirarme al extranjero a hacerlo (preferentemente a algún sitio donde se hable inglés)

Conocéis alguna buena uni para hacerlo o me podrías dar alguna página donde salgan Universidades donde podría buscar información sobre Másters ...

[Khram Cuervo Errante]

Vuelvo tras unos días.

@Watta: a tu primera pregunta te diré que el método que usásteis para purificarla, ¿fue una columna de resina conjugada con Ni? Si es así, te diré que no sólo la His-tag se une al Ni...

A tu segunda pregunta decir que nada tiene que ver el TCR (que es un receptor) con las inmunoglobulinas (que son los anticuerpos). En primer lugar, estas acaban secretadas, mientras que el TCR no. Las inmunoglobulinas capturan y opsonizan antígenos de forma que los macrófagos puedan fagocitarlos. El TCR participa en el reconocimiento de los linfocitos CD4⁺ con otras células. Los linfocitos CD4⁺ son células presentadoras de antígeno, sobre todo, y el TCR les sirve, entre otras cosas, para reconocer a las células a quienes han de presentárselos.

Desconocía por completo la existencia de un BCR.

@TitoHarris: no sé dónde habrá algún Máster en microbiología y depende de qué microbiología. El departamento de microbiología de la UAH (www.uah.es), hace años, daba un programa de doctorado bastante bueno en el campo, y supongo que lo habrán traducido a máster. Es todo lo que te puedo decir, pues no conozco otro...

[Watta]

Efectivywonder, columna de Ni. ¿Qué más se une a parte de la His-Tag que pueda ser sintetizado por bacterias (E.coli)?

El BCR son simplemente las Ig que se encuentran en la membrana del limfocito B y que reconocen antígeno. Es anterior a la diferenciación del LB en célula plasmática, que entonces pierde el BCR y no tiene Ig en su membrana porque todas son secretadas.

[Khram Cuervo Errante]

Efectivywonder, columna de Ni. ¿Qué más se une a parte de la His-Tag que pueda ser sintetizado por bacterias (E.coli)?

Cualquier cosa que quele iones divalentes.

El BCR son simplemente las Ig que se encuentran en la membrana del limfocito B y que reconocen antígeno. Es anterior a la diferenciación del LB en célula plasmática, que entonces pierde el BCR y no tiene Ig en su membrana porque todas son secretadas.

Luego no es un B-cell receptor sino una proinmunoglobulina.

Por cierto, LB es la abreviatura de Luria-Bertani, un tipo de medio.

[Watta]

No he oído nunca el concepto de proinmunoglobulina.

Te escribo lo que tengo en los apuntes.

•  Ancoradas a linfocito B, son BCR (Receptores de antígeno para linfocitos B).
           o   Ig interaccione con Ag específico y transduzca señal al interior del B, que se activa.
           o   Tiene otras moléculas como Ig alfa e Ig beta asociadas que ayudan a la transmisión del señal.
           o   Todos los BCR expuestos en la membrana de un mismo linfocito B son idénticos.
                               Cada B tiene especificidad para 1 solo antígeno.

•  Solubles: anticuerpo.

Cuando el BCR reconoce el antígeno, señalización hacia el interior de la célula. Activación del linfocito B que empieza a transformarse en una célula plasmática.

PD. Me voy a estudiar que desde las 9.00h no he dado palo al agua y mañana tengo el examen xD

[TitoHarris]

E BCR es un receptor de ebrana de antigeno...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20727038

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20920502

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21103794


Por cierto, suerte para el examen Watta!
Sería mucho pedir que pusieras las preguntas que te acuerdes por aquí?? (supongo que sería demasiado que me consiguieras el examen, ya sea en papel o en fotos de móbil xDD)

[Watta]

¡Si me acuerdo de las preguntas las pongo! Aunque no prometo nada. Conseguir el examen imposible, no me la juego para nada xD

De todos modos, si me pasas tu correo por privado te puedo mandar una carpeta con exámenes de Inmuno

[TitoHarris]

y bién? cómo fue?